Sulla base dell’analisi del Sistema innovativo regionale e delle competenze tecnologiche in esso presenti, la Smart Puglia 2020 ha individuato tre aree di innovazione prioritaria, in cui ha verificato l’esistenza di una consolidata specializzazione tecnologico/produttiva:

• manifattura sostenibile (aerospazio, trasporti, meccatronica, altri comparti manifatturieri);
• salute dell'uomo e dell'ambiente (green e blue economy, ambiente, agroalimentare, farmaceutico, medicale e sanità);
• comunità digitali, creative e inclusive (industria culturale e creativa, servizi, innovazione non R&D).

Rispetto a queste aree, la Smart Puglia 2020, in unione con l’ Agenda Digitale Puglia 2020 , si è proposta di potenziare e ampliare la platea di chi utilizza le nuove tecnologie in chiave intelligente, inclusiva e sostenibile ed ha articolato interventi che potenziassero ulteriormente alcune specializzazioni, in modo da rispondere anche alle crescenti sfide sociali individuate.